Kollafjörður einkennist af neðansjávardölum, sem ísaldarjökullinn hefur sorfið í berggrunninn, og hryggjum, sem skilja dalina að. Einn slíkur hryggur markast af Örfirisey og Akurey, annar liggur frá Laugarnesi um Engey og hinn þriðji frá Gufunesi um Viðey. Einnig eru Gunnunes, Þerney og Lundey hluti af einum hryggnum.
Í dölum milli hryggjanna eru setlög frá síðjökultíma og ofan á þeim Nútímasetlög. Til þeirra teljast m.a. malarhjallar þeir, sem Björgun ehf. hefur nýtt til efnistöku og fyrirhugar að nýta áfram. Botngerð í Kollafirði er í grófum dráttum á þá leið að í framangreindum hryggjum er fast berg, en utan í hryggjunum gróft efni. Í dölunum milli hryggjanna er fínkornað efni, sandur og silt.
Berggrunnur í Kollafirði (þ.e. bergið í hryggjum og eyjum) er myndaður úr fjölbreytilegum bergtegundum á síðustu 2 milljónum ára eða svo. Í honum skiptast á hraunlög frá íslausum tímum og móbergs- og jökulbergslög frá jökulskeiðum. Mislægt ofan á þessum stafla og að mestu leyti ofansjávar liggur Reykjavíkurgrágrýti og setlög af ýmsu tagi.
Jöklar hafa mótað yfirborð berggrunnsins og skilið eftir sig framangreinda dali. Er þeir hopuðu í lok ísaldar, settist framburður þeirra í dalina.
Sjávarborðslækkun í upphafi Nútíma sléttaði yfirborð þessa sets og þegar sjávarborð tók aftur að hækka, varð rofflöturinn að mislægi. Ofan mislægisins myndaðist nútímaset í ýmsum myndum. Á grunnsævi myndaðist gróft grunnsævisset í mynd malarhjalla og –granda. Þetta grófa set hefur Björgun ehf unnið af hafsbotni undanfarna áratugi.

Hólmskaupstaður
Nokkur hundruð metrum norðan við Örfirisey, milli eyjarinnar og Akureyjar, standa svartar klappir upp úr sjó en hverfa að mestu á stórstraumsflóði. Þetta eru Hólmarnir. Þeir eru, eins og önnur sker, sjófarendum fremur til ama en gagns, sérstaklega þeim sem leið eiga um Hólmasund milli Hólmanna og Akureyjar. Þrátt fyrir að njóta takmarkaðs almenningsálits nú á dögum, var í Hólmunum áður fyrr rekin verslun, allblómleg á þeirra tíma mælikvarða. Ýmsir hafa rakið sögu þessarar verslunar, en hér er stuðst við greinar Helga Þorlákssonar og Árna Óla.
Elstu heimildir um verslun í Hólmunum (Hólminum, Brimarhólmi, Grashólmum, Grandahólma, Gjáhólmum, eins og þeir hafa einnig verið nefndir) eru frá 1521, og versluðu þar þýskir kaupmenn. Skipalægi var þarna og voru sagnir um að þarna mætti finna járnhringa til að festa með skip. Danir tóku við staðnum með tilkomu einokunar 1602. Árið 1655 var einna mest verslað í Hólmi af öllum verslunarstöðum landsins. 

Verslunarstaðurinn var fluttur í Örfirisey á 17. öld, vafalaust vegna ágangs sjávar og þaðan til Reykjavíkur á seinni hluta 18. aldar. Hann hélt þó áfram nafni sínu, Hólmur eða Hólmskaupstaður. Í Básendaveðrinu 1799 eyddist öll byggð í Örfirisey og þó þar hafi verið byggt aftur varð hún ekki svipur hjá sjón aftur eftir það.
Ágangur sjávar í Kollafirði Saga Hólmskaupstaðar er kafli í sögu landbrots í Kollafirði, sem hefur stjórnast af hækkandi sjávarstöðu. Sú saga hófst í lok ísaldar, þegar sjávarborð lækkaði mjög hratt niður í -35 metra á svæðinu fyrir ca. 9 þúsund árum. Frá þeim tíma hefur sjávarborð hækkað smám saman upp í núverandi hæð. Sjávarborðshækkunin stendur enn yfir. Hækkunin við Faxaflóa nemur 1,3 metrum frá árinu 100 e.Kr., en á fyrri hluta 19. aldar hófst hröð hækkun, sem tengd hefur verið iðnvæðingu og hækkandi hita á jörðinni. Mælingar í Reykjavíkurhöfn frá 1956 sýna árlega hækkun sjávarborðs um 3,4 mm.

Heimildir m.a.:
-Matsskýrsla á sandnámi á botni Kollafjarðar.

Glóra á Álfsnesi.